日本でCGCになるためには、まず4年制大学を卒業し遺伝カウンセラー養成課程のある大学院（大学院の修士課程）に入学する必要があります。
 遺伝カウンセラー養成課程で遺伝医学や遺伝カウンセリングなどについて学び修士号を取得した後で、年に1回行われる認定試験を受けて合格することが求められます。合格者は、決められた手続きを行った後で認定遺伝カウンセラーとして登録されます。
 なお、遺伝カウンセラー養成課程のある大学院の一覧や資格認定に関わる制度の詳細は、日本遺伝カウンセリング学会と日本人類遺伝学会が共同で設定した「認定遺伝カウンセラー制度委員会」のホームページで閲覧することができます。

 試験は年に１回行われます。試験が行われる時期は年によって異なりますが、９月あるいは１０月に行われることが多いです。認定試験には筆記試験と面接試験があり、どちらも合格する必要があります。面接試験には遺伝カウンセリングのロールプレイが含まれます。
 日本遺伝カウンセリング学会と日本人類遺伝学会が共同で設定した「認定遺伝カウンセラー制度委員会」（以下、制度委員会）が、認定試験の運営や認定についての審議を担当しています。制度委員会は、例年受験者数と合格者数を公表していません。
 すべての認定遺伝カウンセラーは、日本認定遺伝カウンセラー協会（当協会）に入会することになっています。あくまでも参考ですが、当協会への新規登録者は30～40名／年で推移しています。

 資格の認定は、専門職が常に新しい知識や技術を習得し維持していることを証明するための仕組みで、学会が定めた基準を満たしていることの重要な証です。CGCは、日本遺伝カウンセリング学会と日本人類遺伝学会が共同で制定した「認定遺伝カウンセラー制度規則」に基づいて認定されています。
 CGCの認定資格の有効期間は5年で、更新することができます。

 CGCの更新のためには、認定されている5年間で所定の活動を行い必要な単位数を取得した上で、日本遺伝カウンセリング学会と日本人類遺伝学会が共同で設定した「認定遺伝カウンセラー制度委員会」に申請し、承認される必要があります。
 例えば、更新に必要な所定の活動として関連する学会や研修会への参加・発表などがあります。
 認定資格の更新のために遺伝カウンセリングの実践は必須ではありませんので、臨床検査センターや製薬会社、大学などの教育機関で働いていて日常的に遺伝カウンセリングを担当していなくても、認定資格の更新の手続きをすることができます。